Em As Férias de Pikachu, Ash, Misty e Brock chegam a um local onde seus Pokémon podem brincar livremente enquanto tiram um dia de descanso de sua longa jornada. E como todos os Pokémon do trio principal vão felizes curtir esse dia de férias, Pikachu, Squirtle e Bulbasaur ficam responsáveis por cuidar do pequeno Togepi de Misty sozinhos. Entretanto, a situação fica tensa para Pikachu e cia., quando surge um grupo formado por quatro metidos Pokémon, Raichu, Snubbull, Cubone e Marill, que rivalizam imediatamente com o grupo de babás do Togepi.
Agora, ao mesmo tempo em que cuida de Togepi, o rato elétrico terá que lidar com a rivalidade de seus amigos e até dele próprio com o grupo de Raichu. O resultado disso tudo? Uma enorme confusão que acaba causando a fúria do Meowth da Equipe Rocket e fazendo com que não só Charizard entre pelo cano, literalmente, mas também que os Pokémon aprendam que a melhor diversão não vem da rivalidade e sim da cooperação.
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O protagonista do filme é Mewtwo que é criado em laboratório pelos cientistas como clone do Pokémon Mew, cujo qual foi encontrado um fóssil na Amazônia. Depois disso Mewtwo desperta e destrói o laboratório com os cientistas e quer derrotar Mew. Para isso ele faz dele uma ilha, a mesma onde ele foi criado, e assim convida os melhores treinadores do mundo para participar de um evento. Ash no começo do filme luta contra um pirata e ganha, e depois recebe o convite para participar do torneio Pokémon contra o melhor treinador do mundo. Porém começa a chover e a travessia para a Ilha não iria sair até a chuva parar. Isso, na verdade, era um desafio para selecionar os treinadores que iriam ao evento, e logo somente Ash e mais três treinadores chegam a Ilha de Mewtwo.
Chegando eles descobrem que Mewtwo é um Pokémon. Isso mesmo! Um pokémon é o melhor treinador do mundo, e ao mesmo tempo o mais forte Pokémon.
Mewtwo começa a fazer clone dos Pokémon de Ash, Misty, Brock e dos outros três treinadores, e então começa uma luta entre os Pokémon verdadeiros e os clones, porém os clones são mais fortes, e acabam ficando em vantagem. Nisso aparece Mew, e ele começa a lutar com Mewtwo de igual para igual com seus poderes. Ash quer que as lutas entre os Pokémon verdadeiros e os clones terminem, porém Mewtwo e Mew continuam lutando entre si e da luta acaba saindo uma grande explosão e Ash acaba entrando no meio e recebe o golpe. Assim ele é transformado em pedra.
Nisso todos os Pokémon começam a chorar e Mewtwo entende o verdadeiro significado dos humanos e como eles gostam de seus Pokémon, e quando todos Pokémon começam a chorar Ash volta ao normal e Mewtwo vai com todos os seus clones para um lugar melhor para eles viverem e faz Ash e os outros esquecerem o que tinham visto. Então eles são trazidos para um Centro Pokémon, e a chuva para.
